平安時代、文書博士になったばかりの菅原道真が参内の途上で『自分を斬れ』という少女と出会う。少女は父母を人間に殺された狐が化けたものだった。
道真は不思議な図形を書いた薄様を渡し、これを他人に見られない場所で燃やせば父母とまた会えると言う。少女が去っていった後、道真は参内する。
宮中では藤原良房の子・雅平が藤原氏を代表して道真と対立する。雅平は実はその出自の秘密から、歴史には残らなかった男である。
宮中ではそのころ、囲碁が流行っていて、道真は式部省輔として帝の御前での囲碁大会を企画する。
帰りの道で、道真の前に少女が現れる。
少女の内なる光を見抜いた道真は、彼女を葛葉と名付け、自らの子とする。道真にはこの葛葉が安倍清明の母となるものなのだと分かっていた。
道真の護衛に、武士とともに自由自在に隠形できる小槙という女がいた。彼女は道真が遠い将来、転生して時間旅行を管理する時空管理機構の総裁になるために、特別に未来から道真の元に派遣されているのだった。
そして、薄様の図形は、この世界、この宇宙での時間旅行を管理するネットワーク・アメノミナカシステムを動かす制御文字と呼ばれる文字で、道真はその頭脳で、その制御文字による空間操作が後の陰陽道の真髄と知り、使っていたのだった。
日本で初めての陰陽博士として、道真は従五位下でありながら、下級貴族の女房の出産を妨害し、子を奪う謎の組織・黒梟と対決する。